После многих тестов, а также опытов управления и работы с unix-системами, рекомендую ставить операционную систему Linux Ubuntu.
p.s.Лично мне лучшей версией показалась debian 6, но тут уже выбирайте сами.

Итак начнём, мы подключились к ssh терминалу под root пользователем, например через PuTTy.

Апгрейдим систему:
apt-get update
apt-get upgrade --show-upgraded

Устанавливаем пакет psmisc:
apt-get install psmisc

Устанавливаем редактор файлов nano:
apt-get install nano

Готово, шаг 1 успешно выполнен! Всё очень просто.

Шаг 2.

Устанавливаем веб сервер Apache,библиотеки и настраиваем его(если его нету):
sudo apt-get install apache2 apache2-mpm-prefork apache2-utils apache2-suexec

p.s. установка может занять около 5 минут.

Устанавливаем доп.библиотеки для корректной работы серверами:
apt-get install libssh2-php

Ждём окончания установки библиотеки и затем настраиваем mod_rewrite(если он не настроен):
nano /etc/apache2/sites-available/default

далее находим строку:
и в ней находим строку AllowOverride
Выставляем там значение: All
И будет выглядеть это так: AllowOverride All
И закрываем файл, сохраняя его(сначала нажимаем CTRL+x, затем клавишу Y, затем CTRL+M).

Затем включаем модуль rewrite:
sudo a2enmod rewrite

И перезагружаем apache:
sudo /etc/init.d/apache2 restart

Скачиваем memcached
sudo apt-get install memcached

Затем перезагружаем memcached(только после закачки и подключения панели):
service memcached restart

И еще осталось:
sudo apt-get install curl php5-dev sudo screen ia32-libs cpulimit

Ну и конечно openssl:
apt-get install openssl

Шаг 3.

Для начала устанавливаем сам пакет aptitude install pure-ftpd-mysql примичание: Удалите FTP если оно установлено
Cоздаем базу данных mysql, назавем ее например FTP и выполним следующий sql запрос:

CREATE TABLE ftpd (
User varchar(16) NOT NULL default '',
status enum('0','1') NOT NULL default '0',
Password varchar(64) NOT NULL default '',
Uid varchar(11) NOT NULL default '-1',
Gid varchar(11) NOT NULL default '-1',
Dir varchar(128) NOT NULL default '',
ULBandwidth smallint(5) NOT NULL default '0',
DLBandwidth smallint(5) NOT NULL default '0',
comment tinytext NOT NULL,
ipaccess varchar(15) NOT NULL default '*',
QuotaSize smallint(5) NOT NULL default '0',
QuotaFiles int(11) NOT NULL default 0,
PRIMARY KEY (User),
UNIQUE KEY User (User)
) TYPE=MyISAM;

Заходим в /etc/pure-ftpd/db/ и очищаем mysql.conf, вставляем следующее (не забудьте поправить):

MYSQLSocket /var/run/mysqld/mysqld.sock
#MYSQLServer localhost
#MYSQLPort 3306
MYSQLUser pureftpd
MYSQLPassword ftpdpass
MYSQLDatabase pureftpd
MYSQLCrypt md5
MYSQLGetPW SELECT Password FROM ftpd WHERE User="\L" AND status="1" AND (ipaccess = "*" OR ipaccess LIKE "\R")
MYSQLGetUID SELECT Uid FROM ftpd WHERE User="\L" AND status="1" AND (ipaccess = "*" OR ipaccess LIKE "\R")
MYSQLGetGID SELECT Gid FROM ftpd WHERE User="\L"AND status="1" AND (ipaccess = "*" OR ipaccess LIKE "\R")
MYSQLGetDir SELECT Dir FROM ftpd WHERE User="\L"AND status="1" AND (ipaccess = "*" OR ipaccess LIKE "\R")
MySQLGetBandwidthUL SELECT ULBandwidth FROM ftpd WHERE User="\L"AND status="1" AND (ipaccess = "*" OR ipaccess LIKE "\R")
MySQLGetBandwidthDL SELECT DLBandwidth FROM ftpd WHERE User="\L"AND status="1" AND (ipaccess = "*" OR ipaccess LIKE "\R")
MySQLGetQTASZ SELECT QuotaSize FROM ftpd WHERE User="\L"AND status="1" AND (ipaccess = "*" OR ipaccess LIKE "\R")
MySQLGetQTAFS SELECT QuotaFiles FROM ftpd WHERE User="\L"AND status="1" AND (ipaccess = "*" OR ipaccess LIKE "\R")

И в терминал отправляем следующие команды:

echo "yes" > /etc/pure-ftpd/conf/ChrootEveryone;
echo "yes" > /etc/pure-ftpd/conf/CreateHomeDir;
echo "yes" > /etc/pure-ftpd/conf/DontResolve;
/etc/init.d/pure-ftpd-mysql restart;

Залейте все файли и папки панели на установленный веб сервер вашей vds/vps.
Готово!

Установка полностью завершена!

Дополнение к мануалу:

1.Не забудьте настроить файл engine/data/conf.php.
2.Не забудьте создать папку host и загрузить туда стандартные сервера на вашей vds/vps.
Эти папки являются стандартным примером. При заказе сервера, стандартные моды, конфигы и т.д. берутся из этих папок, затем узер уже может сам изменить/загрузить/удалить и т.д. все файлы и папки своих серверов.

И еще как подключать машину

IP - вашей машины
Порт - 22
Логин - root
Пароль - в ваш пароль от сервера
CPU - ставите сколько перативной памяти на сервере
Логин, пароль и название DB - база от pure-mysql-ftpd

Fastdl как установить вы увидите при подключении машины